Em dezembro de 1821 chega ao Rio de Janeiro uma ordem das cortes a D. Pedro. Deveria ele abolir a regência e regressar imediatamente a Portugal. Resignado, começa a fazer os preparativos para o regresso quando a onda de indignação dos brasileiros se faz notória. José Bonifácio de Andrada e Silva, na condição de membro destacado do governo provisório de São Paulo, envia uma carta a D. Pedro. Nela criticava duramente a decisão das Cortes de Lisboa e chamava a sua atenção para o importante papel reservado ao príncipe nesse momento de crise. Aquela carta foi publicada na Gazeta do Rio de 8 de janeiro de 1822, com grande repercussão. Dez dias depois, chegou ao Rio uma comitiva paulista, integrada por José Bonifácio, para entregar ao príncipe a representação paulista. Nesse mesmo dia, D. Pedro nomeou José Bonifácio ministro do Reino e dos Estrangeiros, cargo que este resolveu aceitar depois da insistência do próprio príncipe. Essa nomeação tinha um forte significado simbólico: pela primeira vez o cargo era ocupado por um brasileiro.
Empossado no cargo de ministro do Reino e de Estrangeiros, em janeiro de 1822, Bonifácio logo conquistou, para a causa emancipadora, os representantes da Áustria e da Inglaterra. Além disso, ordenou ao Chanceler-Mor (cargo que corresponde, hoje, ao de ministro da Justiça) que não publicasse lei alguma, vinda de Portugal, sem primeiro submetê-la à a apreciação do príncipe; nomeou um cônsul brasileiro para Londres, declarando, ao Gabinete inglês, que só tal funcionário poderia, então, liberar navios que se destinassem ao Brasil; enviou emissários às Províncias do norte, a fim de congregá-los para a causa da independência, avisando que teriam que se sujeitar à regência de D. Pedro e não às ordens que recebessem de Lisboa.
As Províncias do norte estavam ao lado das Cortes portuguesas e executando o decreto 124, de 29 de setembro de 1821; principalmente, no Maranhão, o que fez com que José Bonifácio, em ofício à Junta de Governo daquela Província, dissesse, ironicamente, que não era de se esperar que o Maranhão tivesse "a aparente e fastigiosa idéia de ser considerada província daquele reino (Portugal)". O Brasil, àquela altura dos acontecimentos, não podia continuar fragmentado e José Bonifácio estava enfrentando a tarefa hercúlea de reunir as Províncias, unindo o país em torno de uma idéia política, que era a monarquia constitucional parlamentar. No dizer de Tito Lívio Ferreira e Manoel Rodrigues Ferreira, “sob esse ponto de vista, ele é, legitimamente, o campeão da unidade do Brasil”.
Sempre ativo, aliciou conspiradores em Pernambuco, no Maranhão, no Rio Grande do Norte, na Bahia e no Pará, para que se rebelassem, na hora exata, contra a metrópole que o ludibriara, traindo o acordo do Reino Unido de Portugal e do Brasil; em junho de 1822, reorganizou o erário, por intermédio de seu irmão, Martim Francisco, e, em julho, formou uma nova Armada, contratando, para a obra de construção da Marinha de Guerra, o marujo e aventureiro lorde Cochrane. Importante ainda a presença de Gonçalves Ledo, que angariou os fundos necessários para fortalecer a Armada.
Levou D. Pedro a conquistar a simpatia das populações de Minas e de São Paulo, forçando-o a viajar, pois, dizia ele, “o Brasil não é o Rio de Janeiro”. Quando os decretos vindos de Portugal anulavam, sumariamente, todos os atos da regência, ele, habilmente aliado a D. Leopoldina, escreve a D. Pedro, jurando que, de Portugal, o humilham: “De Portugal não temos a esperar senão escravidão e horrores. Venha V.A. Real o quanto antes e decida-se; porque irresoluções e medidas de água morna, à vista desse inimigo que não nos poupa, para nada servem – e um momento perdido é uma desgraça”. Com isso, instigava o príncipe a se rebelar, combatendo as suas hesitações e desânimos.
Hoje estão disponíveis – inclusive na Internet – os documentos comprobatórios de que os acontecimentos de 7 de setembro foram premeditados e conduzidos por José Bonifácio.